Práce nad druhou generací Fiata Ducato začaly již v roce 1987. Za projekt vozidla byl zodpovědný Giorgetto Giugiaro ze společnosti Ital Design. Nové Ducato mělo být průlomem v oblasti aerodynamiky užitkových vozidel, díky optimálnímu (v té době) snížení odporu vzduchu. Aerodynamická přední část Ducato druhé generace přispěla k výsledku Cx = 0.35, což byl nejlepší výsledek mezi evropskými dodávkami v té době. Stará stylistika byla úplně zapomenuta, vycházejíc vstříc novým trendům. Vnitřním, pracovním názvem nového vozidla bylo pojmenování Typ 230.
Druhá generace Ducato byla poprvé představena v březnu roku 1994 na ženevském veletrhu. O rok později získala italská dodávka první místo v prestižní soutěži o nejlepší dodávku roku (Van Of The Year). Některá konstrukční řešení, která fungovala v předchozí generaci, byla zachována. Bylo rozhodnuto použít pohon předních kol, a motor byl umístěn napříč. Přední odpružení je založeno na McPhersonech, zatímco zadní část má tuhou nápravu na parabolických pružinách. Bylo však vsazeno na vytvoření mnoha variací karoserie s různou délkou, výškou a různým rozvorem. Místo vývoje Fiat Talento bylo jednoduše rozhodnuto vytvořit menší, mnohem kompaktnější verzi Ducato II s délkou 4521-5681 mm a rozvorem 2850-3700 mm. Fiat Ducato II měl být modernější, aerodynamičtější a přizpůsobený potřebám co nejširšího okruhu zákazníků. Nejčastěji potkávané verze byly s dieselovými motory 1.9D. Na začátku byla k dispozici pouze jedna verze benzínového motoru s výkonem 109 HP. V září 2000 byla zahájena výroba Fiata Ducato II v Sete Lagoas v Brazílii.
V roce 2002 byl Fiat Ducato modernizován. Kromě faceliftu karoserie se změnil také interiér vozidla a paleta dostupných motorů. Byla to také první verze Ducato, která byla k dispozici s pohonem 4x4 v tovární verzi. Kromě toho byla rozvinuta paleta benzínových motorů. Byly to stále dvoulitrové jednotky, ale byly představeny verze poháněné CNG (97 HP) a LPG (109 HP). Interní označení obnovené dodávky bylo Typ 244. Změny byly tak velké, že mnoho lidí považovalo osvěženou verzi za zcela novou generaci. Nejdůležitější prvky vozidla, jako je rám a podvozek, však pocházely z Typu 230, proto se tyto změny považují pouze za facelift. Všechny dieselové jednotky, které poháněly Ducato II, byly vybaveny vstřikováním Common Rail. Projevilo se to snížením úrovně spotřeby a současným zvýšením výkonu. Nejsilnější jednotka generovala výkon na úrovni 146 HP. 15. prosince 2005 společnost oznámila svůj velký úspěch. To právě toho dne byl vyroben 3 miliontý exemplář Fiat Ducato. Tento výsledek přispěl ke zvýšení výroby na 9 vozidel denně. Za zmínku stojí, že po liftová verze Ducato II byla v Brazílii tak populární, že se vyráběla až do roku 2018. Bylo to možné, protože v Jižní Americe neexistovala žádná emisní omezení.